Efter at have arbejdet med dit billede i Photoshop, skal du gemme ændringerne. Hvis du vælger Filer →Gem, opdateres den aktuelle fil på din harddisk og bibeholder det aktuelle filformat, når det er muligt. Hvis du føjede en funktion til filen, der ikke understøttes af det originale filformat, åbner Photoshop automatisk dialogboksen Gem som og viser dig, hvilke funktioner der ikke understøttes af det valgte filformat. På figuren viser den nederste del af dialogboksen Gem som de gule advarselstrekanter, der identificerer de muligheder, der bruges i billedet, og som ikke er tilgængelige, når der gemmes som en JPEG.

Photoshop viser dig, hvilke billedfunktioner der ikke er tilgængelige i dit valgte filformat.
Du kan gå videre og gemme billedet i det format, men din fil vil ikke længere indeholde disse ikke-understøttede funktioner. I det viste eksempel kan du klikke på knappen Gem og oprette en JPEG-fil, men den JPEG-fil har ikke alfakanalen (en gemt markering) eller staffagefarverne (en brugerdefineret udskrivningsfarve), og den vil blive fladtrykt til en enkelt lag. Hvis du vil beholde disse funktioner i filen, skal du vælge et andet filformat, såsom Photoshops eget PSD-format.
Ligegyldigt hvilket af filformaterne du vælger, hvis du tilføjer lag, tekst, justeringslag, kanaler eller stier til dit billede, skal du beholde originalen som en ikke-fladet/ikke-sammenflettet (alle lagene bevares) Photoshop (PSD) eller lagdelt TIFF fil. Hvis du i fremtiden skulle få brug for at foretage ændringer i billedet eller duplikere en effekt i billedet, behøver du ikke starte fra bunden.